A vízisikló rendkívül változékony megjelenésű faj. Földrajzi változatosságából fakadóan számos alfaját különítik el: a törzsalak Natrix natrix natrix a Rajnától keleti irányba a Dnyeper vidékéig, a Kárpát-medence déli részétől Finnországig fordul elő; a spanyol vízisikló (N. n. astreptophora SEOANE, 1884) az Ibériai-félszigetet népesíti be; a nyugat-európai N. n. helvetica (LACÉPÈDE, 1798) a Pireneusoktól északra Anglia középső részéig, északnyugaton a Rajna vonaláig, keleten az Alpok déli vonulata mentén a Dinári-hegységig, dél felé az Appennini-félsziget északi pereméig fordul elő; az olasz vízisikló (N. n. lanzai KRAMER, 1970) az Appennini-félsziget északi felén terjedt el; a délolasz vízisikló (N. n. sicula CUVIER, 1829) az Appennini-félsziget déli felét és Szicíliát népesíti be; a korzikai vízisikló (N. n. corsa HECHT, 1930) Korzikán, a szardíniai vízisikló (N. n. cetti GENÉ, 1883) Szardínia szigetén élnek; a csíkos vízisikló (N. n. persa PALLAS, 1814) a Balkán-félsziget alfaja; az Égei-tengeri Milos szigetcsoporton a miloszi vízisikló (N. n. schweizeri L. MÜLLER, 1932) található meg; a Kea-vízisikló (N. n. fusca CATTANEO, 1990) az Égei-tengeri Keán fordul elő; a gothlandi vízisikló (N. n. gotlandica NILSON & ANDRÉN, 1981) a Balti-tengeri Gothland-sziget alfaja; a ciprusi vízisikló (N. n. cypriaca HECHT, 1930) Cipruson található, és Dél-Anatóliától Észak-Szíriáig fordul elő a szír vízisikló (N. n. syriaca HECHT, 1930). A legkeletibb alfaj az orosz vízisikló (N. n. scutata PALLAS, 1771) a Fekete-tengert északról határoló síkvidéktől Szibériáig terjedt el. A fenti alfajok többsége egy morfológiai bélyegekre alapozott részletes filogenetikai vizsgálat szerint (THORPE, 1979; ld. az Ajánlott irodalomban) azonban önkényesnek, és nem követi a populációk földrajzi változatosságának valódi mintázatát. THORPE rámutatott, hogy a jégkorszakot követően a vízisikló két fő menedék- (refúgium-) területről népesítette be Európát. Az egyik a Balkán-félsziget volt, ahonnan nyugaton Közép-Európa nyugati pereméig, keleten a Bajkál-tóig terjedt el a faj. A másik menedékterület Délnyugat-Európa volt, amely további két elkülönült populációnak adott otthont: 1. az Appennini-félszigeten; 2. az Ibériai-félszigeten. A két populáció a jégkorszakot követően Nyugat-Európában egyesült, és Közép-Európáig terjedve egy csak alig összeolvadó hibridzónát hozott létre a keleti formával. A nyugati vízisikló tehát THORPE szerint továbbra is külön alfajnak tekinthető N. natrix helvetica néven, a keleti vízisikló pedig a faj törzsalakja a N. n. natrix. THORPE ezenkívül további két alfajt talált elegendő mértékben különbözőnek ahhoz, hogy alfaji rangjukat megőrizze: a N. n. cetti-t és a N. n. corsa-t. Eredményei nagyrészt összecsengenek más fajokon végzett kutatások eredményeivel, így hosszú távon várható, hogy a majdani, géneken végzett filogenetikai vizsgálatok meg fogják erősíteni eredményeit.