Ma, amikor ezen élőhelyek megszűnéséről, a még meglévők állapotának folyamatos romlásáról - és az élőviláguk eltűnéséről - beszélünk nap mint nap, szükséges egy olyan társadalmi bázison nyugvó szervezet működése, amelynek tagjai kellő összefogással és szakmai megalapozottsággal elősegíthetik ezen folyamatok mérséklését, vagy megelőzését. A Vízimadár-védelmi Szakosztály - összhangban az MME természetvédelmi célkitűzéseivel - a vizes élőhelyek élővilágának feltárását, kutatását és nem utolsó sorban a védelmét vagy védettségének előkészítését vallja legfontosabb feladatának.

A Szakosztály védelmi tevékenységét a következő témakörök köré csoportosította:
Vonuló és telelő vízimadárfajok állományának országos szintű monitoring- és kutatási eredményeire alapozva az országos jelentőségű madárélőhelyek védelmének elősegítése.

Fészkelő vízimadár-állományok országos szintű monitoringja, a veszélyeztető tényezők feltárása, hatékonyabb védelmük elősegítése, különös figyelemmel a ritka, veszélyeztetett, valamint a telepesen költő vízimadárfajokra.